如果公司在稅務局已經立案的情況下拒不配合繳納稅款，可能會面臨一系列嚴重的后果。首先，根據(jù)《納稅信用管理辦法(試行)》的規(guī)定，如果公司在規(guī)定期限內未按稅務機關處理結論繳納或者足額繳納稅款、滯納金和罰款，將面臨進一步的法律責任。

　　具體來說，公司可能會被處以更高額的滯納金和罰款。此外，如果公司采取暴力、威脅等非法手段拒絕繳納稅款或阻撓稅務機關依法實施稅務稽查執(zhí)法行為，還可能受到刑事處罰。

　　此外，根據(jù)現(xiàn)有的法律框架，雖然法人、實控人和高管不能直接代替公司承擔納稅義務，但他們可能因管理不善而間接受到一定的法律風險。

　　因此，對于一個已經被稅務局立案檢查的公司來說，不配合繳納稅款將導致嚴重的法律后果，包括但不限于增加的經濟負擔(如滯納金和罰款)以及可能的刑事責任。建議公司盡快與稅務機關溝通，妥善解決稅務問題，以避免進一步的法律風險。

　　根據(jù)《納稅信用管理辦法(試行)》中對公司拒不繳納稅款的具體法律后果，主要包括以下幾個方面：

　　1. 追繳欠繳稅款及滯納金：首先，稅務機關會追繳公司所欠的稅款，并加收滯納金。滯納金的計算方式通常是從滯納稅款之日起，按日加收一定比例的滯納金。

　　2. 罰款：除了追繳稅款和滯納金外，公司還可能面臨額外的罰款。根據(jù)相關法規(guī)，這些罰款的金額可以是欠繳稅款的一定倍數(shù)，具體倍數(shù)可能在0.5倍至5倍之間。

　　3. 刑事責任：如果公司有能力繳納稅款但采取轉移、隱匿財產等手段拒不繳納，導致稅務機關無法追繳其所欠稅款，這種行為既違反了納稅義務，也構成了犯罪，將依法追究刑事責任。

　　4. 其他行政處罰：如關閉納稅賬戶、限制高消費等措施，以施加壓力促使公司盡快解決欠稅問題。

　　當公司在稅務稽查中采取非法手段拒絕繳納稅款時，可能面臨的刑事處罰主要包括以下幾種：

　　1. 逃避追繳欠稅罪：如果企業(yè)通過轉移資產等手段逃避繳納稅款，根據(jù)《中華人民共和國刑法》的相關規(guī)定，可能被判處三年以下有期徒刑或拘役。

　　2. 危害稅收征管罪：如果扣繳義務人或其他納稅人采取不正當手段不繳或少繳已扣、已收稅款，且數(shù)額較大，依照刑法第二百零一條第一款的規(guī)定，將被定罪并處罰。

　　3. 偷稅罪：對于那些采取欺騙、隱瞞手段進行虛假納稅申報或不申報的納稅人，如果逃避繳納的稅款數(shù)額較大并且占應納稅額百分之十以上，根據(jù)刑法的規(guī)定，可能被處以三年以下有期徒刑或拘役，并處罰金。

　　4. 加重處罰：在某些情況下，如果企業(yè)拒絕繳納稅款，還可能面臨加重的處罰，如罰金的增加。例如，對于偷稅行為，稅務機關可以追繳不繳或少繳的稅款及滯納金，并處以不繳或少繳稅款50%以上5倍以下的罰款。

　　法人、實控人和高管因管理不善在稅務問題上的法律風險主要包括以下幾個方面：

　　1. 補稅責任：如果因為法人、實控人、高管未盡到忠實、勤勉義務，導致公司出現(xiàn)涉稅違法行為，如逃稅或漏稅，需要補繳稅款及罰款。這些費用可能會由公司追償給相關責任人。

　　2. 刑事法律風險：如果公司實施了犯罪行為，如逃稅等，作為法定代表人的法人、實控人和高管也可能面臨相應的刑事處罰。

　　3. 行政責任：在公司經營過程中，如果存在逃稅或漏稅等行為，法人、實控人和高管將受到稅務機關的處罰，這可能包括罰款、沒收非法所得等行政處罰。

　　4. 稅務合規(guī)風險：企業(yè)管理人員對稅務合規(guī)的認識有誤區(qū)，可能導致稅務風險的產生。如果管理層對稅務合規(guī)的重要性認識不足，可能會導致公司長期面臨稅務風險。

　　5. 稅務報告風險：如果未能充分報告稅務風險給高管層和董事會，可能會導致稅務問題的發(fā)生。這要求企業(yè)維護并定期向關鍵利益相關者報告集團的稅務狀況。

　　6. 發(fā)票管理風險：對于初創(chuàng)公司而言，不善的發(fā)票管理(如丟失、損壞或被盜用)可能會導致稅務問題的發(fā)生，因此需要加強對發(fā)票的管理，建立完善的發(fā)票管理制度。

　　法人、實控人和高管在稅務管理上的不當行為可能會導致嚴重的法律后果，包括經濟損失和刑事責任。

　　要有效地與稅務機關溝通以解決稅務問題并避免進一步的法律風險，可以采取以下幾個策略：

　　1. 了解和掌握稅法知識：首先，企業(yè)或個人應深入了解相關的稅法規(guī)定，這是與稅務機關進行有效溝通的基礎。通過加強業(yè)務學習和提高綜合素質，可以更好地理解稅務機關的要求和操作流程。

　　2. 建立良好的溝通關系：與稅務機關建立友好和尊重的溝通關系至關重要。這包括在溝通時保持耐心，避免使用可能引起對立的語言，如“投訴”、“舉報”等詞匯。同時，應該視稅務局為合作伙伴，而不僅僅是執(zhí)行機構。

　　3. 采用正確的溝通技巧：有效的溝通技巧對于解決稅務問題非常關鍵。這包括清晰、準確地表達自己的觀點，以及如何有效地傾聽對方的意見和建議。此外，應避免在沒有充分準備的情況下與稅務機關進行溝通。

　　4. 及時溝通和反饋：一旦遇到稅務問題，應及時與稅務機關溝通，并尋求解決方案。如果問題無法立即解決，應保持定期的溝通，以跟蹤問題的進展并尋求進一步的解決策略。

　　5. 利用專業(yè)服務：在必要時，可以考慮聘請具有專業(yè)知識的稅務顧問或律師來協(xié)助處理復雜的稅務問題。這些專業(yè)人士可以提供更深入的法律分析和談判支持。

　　對于已經立案檢查的公司，稅務局通常會采取以下措施來追回未繳納的稅款：

　　1. 征收附加費：如果第一期稅款未如期清繳，稅務局會對逾期未繳交的稅款征收附加費。

　　2. 退還多繳稅款：如果有多繳稅款，稅務局會以支票形式退還給你。逾期未領的款項可用作抵銷應付的稅款。

　　3. 深入分析問題根源：稅務局會深入分析問題的根源，研究完善政策措施，并嚴肅追責問責。這包括通報典型案例，加強警示教育。

　　4. 聯(lián)合懲戒措施：隨著國家稅務總局等34個部門聯(lián)合簽署的《關于對重大稅收違法案件當事人實施聯(lián)合懲戒措施的合作備忘錄》深入落實，納稅人涉稅失信行為的失信成本切實加大，"一處失信、處處受限"的社會環(huán)境逐步形成。

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