如果公司在稅務(wù)局已經(jīng)立案的情況下拒不配合繳納稅款，可能會面臨一系列嚴重的后果。首先，根據(jù)《納稅信用管理辦法(試行)》的規(guī)定，如果公司在規(guī)定期限內(nèi)未按稅務(wù)機關(guān)處理結(jié)論繳納或者足額繳納稅款、滯納金和罰款，將面臨進一步的法律責任。

　　具體來說，公司可能會被處以更高額的滯納金和罰款。此外，如果公司采取暴力、威脅等非法手段拒絕繳納稅款或阻撓稅務(wù)機關(guān)依法實施稅務(wù)稽查執(zhí)法行為，還可能受到刑事處罰。

　　此外，根據(jù)現(xiàn)有的法律框架，雖然法人、實控人和高管不能直接代替公司承擔納稅義務(wù)，但他們可能因管理不善而間接受到一定的法律風險。

　　因此，對于一個已經(jīng)被稅務(wù)局立案檢查的公司來說，不配合繳納稅款將導(dǎo)致嚴重的法律后果，包括但不限于增加的經(jīng)濟負擔(如滯納金和罰款)以及可能的刑事責任。建議公司盡快與稅務(wù)機關(guān)溝通，妥善解決稅務(wù)問題，以避免進一步的法律風險。

　　根據(jù)《納稅信用管理辦法(試行)》中對公司拒不繳納稅款的具體法律后果，主要包括以下幾個方面：

　　1. 追繳欠繳稅款及滯納金：首先，稅務(wù)機關(guān)會追繳公司所欠的稅款，并加收滯納金。滯納金的計算方式通常是從滯納稅款之日起，按日加收一定比例的滯納金。

　　2. 罰款：除了追繳稅款和滯納金外，公司還可能面臨額外的罰款。根據(jù)相關(guān)法規(guī)，這些罰款的金額可以是欠繳稅款的一定倍數(shù)，具體倍數(shù)可能在0.5倍至5倍之間。

　　3. 刑事責任：如果公司有能力繳納稅款但采取轉(zhuǎn)移、隱匿財產(chǎn)等手段拒不繳納，導(dǎo)致稅務(wù)機關(guān)無法追繳其所欠稅款，這種行為既違反了納稅義務(wù)，也構(gòu)成了犯罪，將依法追究刑事責任。

　　4. 其他行政處罰：如關(guān)閉納稅賬戶、限制高消費等措施，以施加壓力促使公司盡快解決欠稅問題。

　　當公司在稅務(wù)稽查中采取非法手段拒絕繳納稅款時，可能面臨的刑事處罰主要包括以下幾種：

　　1. 逃避追繳欠稅罪：如果企業(yè)通過轉(zhuǎn)移資產(chǎn)等手段逃避繳納稅款，根據(jù)《中華人民共和國刑法》的相關(guān)規(guī)定，可能被判處三年以下有期徒刑或拘役。

　　2. 危害稅收征管罪：如果扣繳義務(wù)人或其他納稅人采取不正當手段不繳或少繳已扣、已收稅款，且數(shù)額較大，依照刑法第二百零一條第一款的規(guī)定，將被定罪并處罰。

　　3. 偷稅罪：對于那些采取欺騙、隱瞞手段進行虛假納稅申報或不申報的納稅人，如果逃避繳納的稅款數(shù)額較大并且占應(yīng)納稅額百分之十以上，根據(jù)刑法的規(guī)定，可能被處以三年以下有期徒刑或拘役，并處罰金。

　　4. 加重處罰：在某些情況下，如果企業(yè)拒絕繳納稅款，還可能面臨加重的處罰，如罰金的增加。例如，對于偷稅行為，稅務(wù)機關(guān)可以追繳不繳或少繳的稅款及滯納金，并處以不繳或少繳稅款50%以上5倍以下的罰款。

　　法人、實控人和高管因管理不善在稅務(wù)問題上的法律風險主要包括以下幾個方面：

　　1. 補稅責任：如果因為法人、實控人、高管未盡到忠實、勤勉義務(wù)，導(dǎo)致公司出現(xiàn)涉稅違法行為，如逃稅或漏稅，需要補繳稅款及罰款。這些費用可能會由公司追償給相關(guān)責任人。

　　2. 刑事法律風險：如果公司實施了犯罪行為，如逃稅等，作為法定代表人的法人、實控人和高管也可能面臨相應(yīng)的刑事處罰。

　　3. 行政責任：在公司經(jīng)營過程中，如果存在逃稅或漏稅等行為，法人、實控人和高管將受到稅務(wù)機關(guān)的處罰，這可能包括罰款、沒收非法所得等行政處罰。

　　4. 稅務(wù)合規(guī)風險：企業(yè)管理人員對稅務(wù)合規(guī)的認識有誤區(qū)，可能導(dǎo)致稅務(wù)風險的產(chǎn)生。如果管理層對稅務(wù)合規(guī)的重要性認識不足，可能會導(dǎo)致公司長期面臨稅務(wù)風險。

　　5. 稅務(wù)報告風險：如果未能充分報告稅務(wù)風險給高管層和董事會，可能會導(dǎo)致稅務(wù)問題的發(fā)生。這要求企業(yè)維護并定期向關(guān)鍵利益相關(guān)者報告集團的稅務(wù)狀況。

　　6. 發(fā)票管理風險：對于初創(chuàng)公司而言，不善的發(fā)票管理(如丟失、損壞或被盜用)可能會導(dǎo)致稅務(wù)問題的發(fā)生，因此需要加強對發(fā)票的管理，建立完善的發(fā)票管理制度。

　　法人、實控人和高管在稅務(wù)管理上的不當行為可能會導(dǎo)致嚴重的法律后果，包括經(jīng)濟損失和刑事責任。

　　要有效地與稅務(wù)機關(guān)溝通以解決稅務(wù)問題并避免進一步的法律風險，可以采取以下幾個策略：

　　1. 了解和掌握稅法知識：首先，企業(yè)或個人應(yīng)深入了解相關(guān)的稅法規(guī)定，這是與稅務(wù)機關(guān)進行有效溝通的基礎(chǔ)。通過加強業(yè)務(wù)學習和提高綜合素質(zhì)，可以更好地理解稅務(wù)機關(guān)的要求和操作流程。

　　2. 建立良好的溝通關(guān)系：與稅務(wù)機關(guān)建立友好和尊重的溝通關(guān)系至關(guān)重要。這包括在溝通時保持耐心，避免使用可能引起對立的語言，如“投訴”、“舉報”等詞匯。同時，應(yīng)該視稅務(wù)局為合作伙伴，而不僅僅是執(zhí)行機構(gòu)。

　　3. 采用正確的溝通技巧：有效的溝通技巧對于解決稅務(wù)問題非常關(guān)鍵。這包括清晰、準確地表達自己的觀點，以及如何有效地傾聽對方的意見和建議。此外，應(yīng)避免在沒有充分準備的情況下與稅務(wù)機關(guān)進行溝通。

　　4. 及時溝通和反饋：一旦遇到稅務(wù)問題，應(yīng)及時與稅務(wù)機關(guān)溝通，并尋求解決方案。如果問題無法立即解決，應(yīng)保持定期的溝通，以跟蹤問題的進展并尋求進一步的解決策略。

　　5. 利用專業(yè)服務(wù)：在必要時，可以考慮聘請具有專業(yè)知識的稅務(wù)顧問或律師來協(xié)助處理復(fù)雜的稅務(wù)問題。這些專業(yè)人士可以提供更深入的法律分析和談判支持。

　　對于已經(jīng)立案檢查的公司，稅務(wù)局通常會采取以下措施來追回未繳納的稅款：

　　1. 征收附加費：如果第一期稅款未如期清繳，稅務(wù)局會對逾期未繳交的稅款征收附加費。

　　2. 退還多繳稅款：如果有多繳稅款，稅務(wù)局會以支票形式退還給你。逾期未領(lǐng)的款項可用作抵銷應(yīng)付的稅款。

　　3. 深入分析問題根源：稅務(wù)局會深入分析問題的根源，研究完善政策措施，并嚴肅追責問責。這包括通報典型案例，加強警示教育。

　　4. 聯(lián)合懲戒措施：隨著國家稅務(wù)總局等34個部門聯(lián)合簽署的《關(guān)于對重大稅收違法案件當事人實施聯(lián)合懲戒措施的合作備忘錄》深入落實，納稅人涉稅失信行為的失信成本切實加大，"一處失信、處處受限"的社會環(huán)境逐步形成。

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